Nijemci su okupirali Kraljevinu Jugoslaviju 1941. godine. Poslije toga su formirali više država. Bosna i Hercegovina je u toj podjeli pripala Nezavisnoj Državi Hrvatskoj (NDH). Rat se time nije završio.

U Bosni i Hercegovini bilo je prisutno više vojski: domobrani, ustaše, četnici, partizani, Nijemci. Sve ove vojske su se smjenjivale i u Gođenjima od 1941. do 1945. godine. Domobrani su bili redovna vojska NDH. U selu se nisu bili smješteni i od njih stanovništvu nije prijetila opasnost. U selu su bili prisutni džandari – policija. Ustaše su bile vojska NDH, nisu bile smještene u selu pa za stanovništvo nisu bili opasnost. Četnici i Nijemci su vršili teror i od njih je stanovništvu prijetila posebna opasnost.

Ratna stradanja stanovništva su počela u julu 1941. godine. Naime, krajem jula i tokom avgusta mjeseca 1941. godine, četničke snage su napadale iz  pravca Kusača, Sokoca i Borika na sva muslimanska sela u žepskom području. Tada su uspjeli zauzete sva sela. Stanovništvo Gođenja je izbjeglo prema Drini, Žepi i u šume. Kada su četničke jedinice zauzele Gođenje, počeli su paliti kuće u Donjem Selu u porodici Lilića. Tom prilikom je sa Borovca, na konju i sa svojom pratnjom, došao Svetozar Kosorić. Ugasio je zapaljene kuće i spriječio dalje paljenje. Kasnije se saznalo da je Svetozar Kosorić bio član KPJ. Kada su se 1942. godine odvojili partizani od četnika Svetozar Kosorić je bio jedan od komandanata partizanskih jedinica. Ovaj događaj, ali i kasniji odnos partizana prema stanovništvu sela, uvjerili su stanovništvo da im od partizana ne prijeti opasnost.

            Tokom cijelog rata vladala je velika nesigurnost i moguća opasnost za stanovništvo. Zbog toga su stanovnici Gođenja veći dio rata provodili u skloništima u šumama i pećinama. Veliki dio stanovništva je stradao zbog gladi i drugih nevolja koje nosi sa sobom rat.

            Četnici su bili posebna opasnost. Da bi se goloruko stanovništvo spasilo od četnika, početkom marta 1942. godine svo stanovništvo Gođenja je evakuisano u Vlasenicu. Evakuacija se vršila u teškim uslovima i preko šuma planine Žep. U putu je od iscrpljenosti umro Uvjezović Huso. U toku evakuacije četnici su iz zasjede ubili Halimanović Bajru, Halimanović Mehmeda i Žigić Mehmeda. Oni su bili zaduženi za izviđanja i obezbjeđenje evakuacije. Evakuisano stanovništvo je vraćeno iz Vlasenice krajem maja 1942. godine.

            U toku rata su poginuli, ubijeni ili nestali sljedeći Gođenjci:

1.      Avdić Huse Meho                            17. Lilić Mustafe Suljo

2.      Avdić Hasana Avdo                         18. Lilić Saliha Ahmet

3.      Avdić Hasana Šaban                      19. Lilić Saliha Smail

4.      Curić Uzeira Zejnil                           20. Lilić Juse Zejnil-Zeleni

5.      Džebo Hasana Huso                       21. Muratović Mehe Pašan

6.      Džebo Šaćira Ibro                           22. Omerspahić Derviša Abid

7.      Džebo Šaćira Himzo                       23. Ridžal               Juso

8.      Džebo Huse Salih                            24. Ridžal Juse Ramiz

9.      Halimanović Alije Mehmed 25. Šahić Rame Hurem

10. Halimanović Alije Bajro                   26. Uvejzović Mehmeda Omer

11. Halimanović Alije Hurem                 27. Uvejzović Omera Sulejman

12. Halimanović Mehmeda Alija          28. Uvejzović  Omera Galib

13. Halimanović Mehmeda Hakija       29. Uvejzović  Hasana Huso

14. Lilić Kasuma Mehmed                    30. Uvejzović Alije Hakija

15. Lilić Derviša Mujo                            31. Žigić Zajke Rasim

16. Lilić Abida Huso                              32. Žigić Muje Mehmed

Tokom rata Gođenji su pripadali opštini Žepa. Žepa je pripadala kotaru Rogatica koji je ulazio u sastav NDH.